AuBi à JOBIM 2025 !

Collaboration avec l’équipe Hôte-Parasite du LMGE : Un microbiome d’abeille standardisé

Bérénice Batut et Nadia Goué ont présenté un poster sur le travail de collaboration entre AuBi et l’équipe Hôte-Parasite du Laboratoire Microbiologie Géronimos Environnement (LMGE). Le poster, intitulé "Building a Standardized Database for Honey Bee Microbiome: Addressing Metadata and Data Comparability gaps", vise à développer une base de données standardisée sur le microbiome de l’abeille. Ce travail répond aux besoins croissants en termes de comparabilité des données et de qualité des métadonnées, essentiels pour avancer dans la recherche sur le microbiome et ses implications pour l’agriculture et l’environnement.

GDEC : Le pangenome du blé tendre

Djémilatou Ouandaogo et Pauline Lasserre-Zuber ont quant à elles présenté un poster intitulé “Bread wheat pangenome graph provides access to gene diversity, structural variations and key agronomic loci architecture”. Ce projet, représentant le GDEC (Génomique des Espèces Céréalières), explore l’utilisation du pangenome du blé tendre pour accéder à la diversité génétique, aux variations structurales et à l’architecture de loci agronomiques clés. Ces travaux ont un potentiel important pour améliorer la sélection des variétés de blé en adaptant les plantes aux conditions climatiques changeantes.

Collaborations avec l’IFB

Les membres d’AuBi a également présenté plusieurs projets en collaboration avec l’Institut Français du Bioinformatique (IFB) via des présentations orales, demos et posters :

1. "Madbot, a metadata and data brokering online tool to ensure the adoption of standards and FAIR principals in an open science context" [Présentation orale]
   Matéo Hiriart et Nadia Goué participe au développement de MadBot, présenté à cette occasion par Imane Messak et Baptiste Rousseau. Madbot facilite la gestion et le partage des données scientifiques en automatisant leur organisation et en suivant des normes internationales. Il se connecte à des plateformes globales (ENA, Galaxy, OMERO, … ) et offre une interface conviviale, encourageant ainsi l’adoption de la Science Ouverte.

2. "ABRomics-analysis: a web service for the analysis of Antibiotic Resistance in bacterial genomes" [Demo]
   Mise en lumière par Julie Lao des workflows développés par Cléa Siguret et Pierre Marin : ABRomics-analysis est une plateforme en ligne pour surveiller les bactéries multirésistantes et les gènes de résistance aux antibiotiques.

3. "Exploring the Richness of the French Galaxy Ecosystem" [Poster]
   Bérénice Batut et collègues ont présenté une analyse de l’écosystème Galaxy en France. Ce projet illustre la diversité et la richesse des outils et des communautés utilisant Galaxy pour analyser des données biologiques.

4. "Galaxy Training: A powerful framework for teaching!" [Poster]
   Bérénice Batut et le réseau de formation Galaxy ont illustré comment Galaxy peut être utilisé comme un outil puissant pour enseigner la bioinformatique. Ce travail souligne l’importance de la formation continue dans ce domaine.

5. "Breaking Myths: The Reality of Galaxy’s Capabilities and Impact" [Poster]
   Bérénice Batut et collègues ont abordé les mythes et réalités autour des capacités et de l’impact de Galaxy. Ce projet vise à démontrer comment cette plateforme open-source peut répondre aux besoins croissants en termes d’analyse de données biologiques.

6. "ABRomics-analysis: Developing Metagenomic Workflows for National Antibiotic Resistance Surveillance" [Poster]
   Bérénice Batut et collègues ont démontré comment des workflows métagénomiques innovants peuvent être utilisés pour surveiller la résistance aux antibiotiques à l’échelle nationale. Ce projet a un impact direct sur la santé publique et les politiques sanitaires.

7. "IFB/ELIXIR-FR contributions to the ELIXIR Training Platform" [Poster]
   Bérénice Batut et collègues ont présenté les contributions de l’IFB à la plateforme de formation ELIXIR. Ce travail vise à renforcer les capacités en bioinformatique en France et dans toute l’Europe.

Conclusion

En conclusion, JOBIM2025 a été une occasion exceptionnelle pour AuBi de partager ses travaux et de collaborer avec des experts de toute la francophonie. Les projets présentés témoignent de l’engagement de la plateforme dans des domaines clés de la bioinformatique, allant du microbiome des abeilles à la résistance aux antibiotiques en passant par le pangenome du blé tendre. Ces initiatives montrent non seulement la richesse des collaborations scientifiques, mais aussi l’importance croissante de la bioinformatique dans la recherche et l’innovation.

AuBi soutient la Société Française de Bioinformatique, organisatrice de l’évènement, par son adhésion en tant que personne morale. Cette adhésion a permis cette année à deux personnes impliquées dans les activités de la plateforme de s’inscrire au tarif préférentiel. Une bourse de voyage permettant de prendre en charge l’inscription à la conférence a également été octroyée.

AuBi continue ainsi de jouer un rôle central dans le paysage de la bioinformatique francophone, en soutenant des projets novateurs et en encourageant des partenariats scientifiques durables. À JOBIM2025, AuBi a une fois de plus démontré son potentiel à contribuer à des avancées majeures dans ce domaine passionnant !