Du 16 au 21 novembre 2025, j’ai eu l’opportunité de participer à la formation EB3I de niveau 1,

« Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage haut débit »

organisée par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) à Roscoff en partenariat avec l’INSERM et l’INRAE.
 

Cette édition a rassemblé 39 participants, dont 77 % de femmes, encadrés par une remarquable équipe de 26 formateurs issus de structures telles que le CNRS, l’INRAE, l’INSERM, l’Institut Curie, l’Institut Pasteur ou encore plusieurs universités françaises.
 

Durant ces cinq jours, nous avons suivi un tronc commun couvrant l’introduction au cluster de calcul de l’IFB, l’utilisation de Linux, le contrôle qualité des lectures, le mapping ainsi que les bases de l’analyse de données avec le langage R. L’ensemble est structuré de façon à rendre l'apprentissage progressif et accessible, avec un excellent équilibre entre théorie et pratique, permettant à des biologistes sans expérience préalable en ligne de commande de devenir rapidement opérationnels.
 

En parallèle de ces cours communs, chaque participant devait choisir un atelier thématique parmi les quatre proposés : traitement des variants, ChIP-seq, Bulk RNA-seq ou Single-cell RNA-seq.
 

Pour ma part, j’ai opté pour l’atelier ChIP-seq, que j’ai particulièrement apprécié pour la proximité et la disponibilité des encadrants. Avec six élèves pour trois formateurs, l’accompagnement était presque personnalisé. Nous avons parcouru un workflow complet : du mapping au peak calling, en passant par la normalisation, l’exploration des données, l’analyse de motifs et l’annotation des pics. Les nombreux exemples, conseils méthodologiques et retours d’expérience des formateurs permettent de véritablement comprendre les enjeux et les bonnes pratiques pour analyser nos propres données.
 

L’un des grands atouts de cette formation est le tutorat personnalisé, qui représente environ une journée entière de la formation. Chaque participant est accompagné par un tuteur (un pour deux élèves) pour amorcer l’analyse de ses propres données. C’est une occasion rare de prendre du recul sur son projet, de construire un plan d’analyse et de se familiariser avec les premières étapes du traitement dans un cadre bienveillant et adapté à ses besoins.
 

Au-delà de la qualité scientifique et pédagogique, la formation offre un environnement particulièrement propice à la concentration : le calme de Roscoff, la mer à deux pas pour s’aérer l’esprit quand une ligne de commande refuse de s’exécuter, et une logistique parfaitement organisée. Les repas pris au restaurant de l’hôtel Gulf Stream — excellents — permettent aussi de prolonger les discussions scientifiques dans une ambiance conviviale.
 

Je recommande vivement cette formation à tous les biologistes qui souhaitent acquérir des bases solides en bioinformatique appliquée aux données NGS. Elle ne prétend pas faire de nous des experts, mais elle nous donne les clés essentielles pour comprendre les outils, manipuler le terminal, appréhender les grandes étapes d’un pipeline d’analyse et savoir où chercher les bonnes ressources pour poursuivre nos travaux. C’est aussi un formidable moyen d’améliorer la communication avec nos collègues bioinformaticiens et de gagner en autonomie.
 

Pour plus d’informations, vous pouvez consulter le programme complet de la formation ici
N’hésitez pas à contacter l’équipe organisatrice de l'IFB pour toute question !