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Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy

Publié le 6 juin 2024 – Mis à jour le 6 juin 2024
Date(s)

le 18 juillet 2024

La formation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy aura lieu le jeudi 18 juillet de 9h-17h.
Lieu(x)
Batiment Turing, 7 avenue Blaise Pascal, Campus des Céseaux, 63170, Aubière.

L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.

Après une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :

  • évaluer la qualité des données transcriptomiques,
  • aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,
  • estimer le nombre de séquences par gènes,
  • construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes
  • faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés

Cette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN) où plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/)

La formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés, ayant des jeux de données à analyser dans les domaines de la bio-analyse et/ou des bio-statistiques

Pour suivre la formation, il est nécessaire de :

  • Avoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam
  • Avoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)
  • Être familier avec Galaxy

Inscription par email à aubi@uca.fr avant le 20 Juin 2024