Journée AuBi Bioinfo-NGS 2021

Publié le 15 novembre 2021 – Mis à jour le 25 novembre 2021

Date(s)

le 1 décembre 2021

Lieu(x)

Amphi Recherche du Pôle Physique, UCA, Campus des Cézeaux, Aubière

La plateforme AuBi accompagne les étudiants du Master 1 Bioinformatique dans l'organisation d'une journée d'animation autour des NGS le mercredi 1er Décembre. Cette année, notre invitée est Alessandra CARBONE (Univ. Paris Sorbone) du laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative.

Programme :

Matin

09:30 – Accueil des participants
09:40 – Frédéric Choulet et Nadia Goué : Présentation du Mésocentre Clermont Auvergne et de la plateforme AuBi
10:00 - Véronique GAUTIER (GDEC, plateforme Gentyane) : Séquençage long-read et cartographies optiques
10:20 - Hélène RIMBERT (GDEC, équipe Bioinfo) : Assemblage long-read du génome du blé tendre cv Renan
10:40 - Yoan RENAUD (iGReD) : Séquençage long-reads pour l’assemblage et la détection de méthylation ADN & utilisation Hi-C
11:10 - Sophie MARRE (MEDIS) : Revealing large microbial species diversity hidden behind 16S rRNA OTUs obtained from metabarcoding

11:30 - Pause Café

11:50 - Alessandra CARBONE (Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, Sorbonne Université) : Espace des séquences, apprentissage profond et le problème de l'identification de partenaires protéiques

Après-midi

14:00 - Raphaëlle PEGUILHAN (ICCF) : Développement d'un workflow pour l'analyse de données métagénomiques et métatranscriptomiques dans un contexte environnemental
14:20 - Cyrille SAINTENAC (GDEC, équipe MDC) : Capture d'exome des gènes de résistance à la Septoriose du blé tendre
14:40 - Maxime BISSEUX (LMGE, équipe EPIE) : Monitoring des eaux usées avec suivi de virus entéro par pacbio et Covid par illumina
15:00 - Mamadou DIA SOW (GDEC, équipe PaleoEvo) : Analyse de données multi-omiques
15 :30 - Temps d'échange et conclusions

Partager cette page

Journée AuBi Bioinfo-NGS 2021