Nouvel article Mésocentre et AuBi dans Environmental Microbiology : "The Air Plasmidome: A Discreet Route for Pathogens and the Transmission of Antibiotic Resistance Genes?"

Dans l'article The Air Plasmidome: A Discreet Route for Pathogens and the Transmission of Antibiotic Resistance Genes? (Environmental Microbiology, 2025), l’équipe a analysé 2 422 métagénomes aériens et révélé que les Proteobacteria dominent les communautés bactériennes aéroportées, avec une proportion variable d'agents pathogènes selon les régions (de 0,2 % à 35,3 %). Parmi les 674 495 plasmides identifiés, 89 se sont avérés « clés » en raison de leur ubiquité et de leur couverture, suggérant un rôle central dans l’adaptation bactérienne et la dissémination de traits accessoires. Bien que les gènes de résistance aux antibiotiques ne représentent qu’une faible proportion des gènes plasmidiques (< 1 %), leur présence souligne un risque de propagation via les bioaérosols.

Les résultats mettent également en évidence une corrélation significative entre la similarité des plasmides, leur localisation géographique et les communautés microbiennes associées (p < 0,001). Grâce à la détection de séquences CRISPR, l’étude montre que les plasmides issus d’environnements bâtis et de sols sont surreprésentés, offrant des pistes pour comprendre les dynamiques de transmission dans différents écosystèmes.

Les auteur·ices tiennent à exprimer leur reconnaissance envers le Mésocentre Clermont-Auvergne et la plateforme AuBi pour leur soutien indispensable en ressources de calcul et de stockage, ainsi que pour leur expertise technique, qui ont permis la réalisation de cette analyse à grande échelle.

Pour en savoir plus sur cette étude fascinante, vous pouvez consulter l'article complet sur le site de Environmental Microbiology mais aussi le poster présenté à 4th International Conference in Microbial Ecotoxicology en novembre 2024 à Göteborg en Suède.