Plateforme AuBI

Présentation

La plateforme Auvergne BioInformatique (AuBI) a entamé sa structuration en 2015. Elle rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne. Elle est associée à l'Institut Français de Bioinformatique ainsi qu'à la plateforme du PRABI .

La plateforme AuBi regroupe des laboratoires de l'Université Clermont Auvergne & Associés (UCA, INRAE, INSERM,  avec notamment une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Les modèles biologiques sont variés (micro-organismes, plantes, animaux) donnant un caractère généraliste à de nombreux outils. Plus d'informations sur les laboratoires ici.


Accès aux banques biologiques publiques

Le Mésocentre Clermont Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par BioMAJ. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy.

La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface BioMAJWatcher. Si vous avez besoin d'une banque de données publique non disponible ou d'index spécifiques, merci d'envoyer un ticket a support.dsi@uca.fr en précisant le nom de la banque et l'adresse URL de téléchargement (ftp si possible) ou le format de l'index désiré.
 

Accompagnement de projets scientifiques

Nous ne gérons pas de projets scientifiques mais nous vous accompagnons dans la mise en place et l'utilisation des ressources du Mésocentre et de la plateforme AuBi. N'hésitez pas à nous consulter en amont de l'élaboration de vos projets à support.dsi@uca.fr.
 

Formations en Bioinformatique

La plateforme AuBi contribue à la formation initiale du Master Bioinformatique ainsi qu'à la formation continue en proposant des formations dans le cadre du Service de Formation du Personnel UCA.
 

Services web

GALAXY

Un service web Galaxy de bioanalyse est hébergé et administré par le Mésocentre Clermont-Auvergne pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique, ... La demande d'ouverture de compte se fait en ligne.

OMERO

Un service web OMERO  pour le stockage d'images et des metadonnées associées est hébergé par le Mésocentre Clermont-Auvergne. Le projet est initié par le GReD et toute demande de renseignements est à adresser à clic.gred@uca.fr.

Ressources Web (Web/VM)

Les bases de données développées par les laboratoires de la plateforme AuBi sont accessibles ici.
Les outils développés par les laboratoires de la plateforme AuBi sont accessibles ici.
 

Listes de diffusion

Pour se tenir informé des évènements en lien avec la bioinformatique en Auvergne, vous pouvez vous inscrire à la liste de diffusion AuBi en adressant un courriel à news.aubi@listes.uca.fr et utiliser ce canal pour échanger sur cette thématique.

Pour se tenir informé des évènements en lien avec la bioinformatique orientée imagerie et microscopie en Auvergne, vous pouvez vous inscrire à la liste de diffusion en adressant un courriel à imagerie.aubi@listes.uca.fr et utiliser ce canal pour échanger sur cette thématique.
 

Tarification

Les services commun reposent sur la mutualisation des ressources des laboratoires et sont pris en charge indirectement par les tutelles de ces derniers.
Les formations sont ouvertes et prises en charge par la tutelle principale (UCA) pour les usagers UCA & Associés ; une tarification est à l'étude pour les extérieurs.