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Formation : FAIR-Bioinfo 2025
du 23 juin 2025 au 27 juin 2025
Session d'introduction aux principes FAIR en bioinformatique pour des analyses reproductibles. Les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, réutilisable) sont abordés et pratiqués à travers la présentation et la pratique de Git, Conda, Docker, Singularity, Snakemake, Rmarkdown et jupyterLab.
Les objectifs de cette formation de 30h est l'introduction aux bonnes pratiques en bioinformatique afin de pérenniser le travail de recherche. Les notions abordées sont la reproductibilité et la répétabilité du code ainsi que les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés dans un contexte FAIR.
Cette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques), que l'on soit bioinformaticien.ne, bioanalyste, ou biologiste curieux ou curieuse.
Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible le travail numérique de la Recherche en Biologie et Santé.
Programme
J1
◦ Introduction générale aux principes FAIR (Facile à trouver, Accessibilité, Interopérabilité et Réutilisable)
J2
◦ Introduction à la gestion de code via Git
◦ TP pratique sur Git
J3
◦ Introduction à la notion d’encapsulation et de gestion de l’environnement avec conda, docker et singularity
◦ TP sur la gestion des environnements et des paquets avec conda
J4
◦ TP sur la gestion des images et des conteneurs avec singularity
◦ TP sur la gestion des workflows avec snakemake
J5
◦ Introduction générale à la documentation de son code avec la programmation lettrée
◦ TP rédaction d’un rapport d’analyse avec Rmarkdown
◦ TP utilisation de l’environnement Jupyter Lab
Nombre de places limité : 16 personnes
Le lien de téléchargement de la fiche descriptive de la formation : ici
Contacter la plateforme AuBi pour tout renseignement et/ou inscription.