Journée AuBi Bioinfo 2023

Publié le 29 novembre 2023 – Mis à jour le 19 décembre 2023

Date(s)

le 6 décembre 2023

Lieu(x)

Amphi Biologie Végétale, UFR Biologie, UCA, Campus des Cézeaux, Aubière

La plateforme AuBi et les étudiants du Master 1 Bioinformatique vous propose une journée d'animation le mercredi 06 Décembre 2023 intitulée

Structuration de la bioinformatique et prospectives à 5 ans

sur le site clermontois

Programme de la journée

Matin

8h30-9h00 : Accueil des participants

9h00-9h10 : Ouverture et Introduction.

Pierre Peyret, MEDIS et Resp. Scientifique AuBi

Nadia Goué, Mésocentre Clermont-Auvergne, Resp. Opérationnelle et co-Resp. Technique AuBi

Session 1 - Génomique & transcriptomique

9h10 - 9h30 : Prédiction de pathologies humaines à travers le développement de réseaux de neurones profonds basés sur une description des microbiotes au niveau de l'espèce. Sophie Marre, MEDIS ; Mots-clés : pathologies humaines, microbiotes, ADNr 16S, intelligence artificielle, réseaux de neurones

9h30 - 9h50 : Bioinformatique et Génomique chez les céréales. Hélène Rimbert, Pauline Lasserre-Zuber et Frédéric Choulet, GDEC ; Mots-clés : génomique, séquençage, annotation, pangénomique, graphes

9h50 - 10h10 : Bioinformatique à l'ICCF: du traitement de données NGS à la modélisation moléculaire. Pierre Amato, ICCF ; Mots-clés : NGS, modélisation moléculaire, imagerie, activité enzymatique, thermodynamique

10h10 - 10h30 : PHROG : Création de familles de protéines de virus et interface Web. François Enault, LMGE ; Mots-clés : familles de protéines, clustering, homologie lointaine, virus, annotation, Web

10h30 - 10h40 : debriefing Session 1 sur nos approches omiques

10h40 -11h10 : Pause

Session 2 - Science ouverte

11h10 - 11h30 : Infrastructure de Stockage et Science Ouverte : un mariage nécessaire ! Antoine Mahul, Nadia Goué, Mésocentre & Plateforme AuBi ; Mots-clés : Mésocentre, service, science ouverte, stockage, données

11h30 - 11h50 : OMERO comme solution pour visualiser, stocker, organiser et analyser les grands jeux de données d'images. Sophie Desset, iGReD ; Mots-clés : image, stockage, OMERO, FAIR, plan de gestion des données

11h50 - 12h00 : debriefing Session 2 sur nos approches de Science Ouverte

Après-midi

Session 3 - Protéomique & métabolomique

13h30 - 13h50 : Nutrition humaine, santé et Bioinformatique. Franck Giacomoni, UNH ; Mots-clés : Métabolomique, Big Data, Systèmes d’information, Galaxy

13h50 - 14h20 : Workflow d’analyses sur la composante protéomique et perspective. Thierry Sayd, QuaPA ; Mots-clés : protéomique, spectres de masses, traitement du signal, base de données, statistiques

14h20 - 14h30 : debriefing Session 3 sur nos approches omiques

Session 4 - Imagerie & Microscopie

14h30 - 14h50 : Segmentation 3D à haut débit des images par Biom3D, un nouvel outil modulable basé sur l'apprentissage profond. Frédéric Chausse, Institut Pascal ; Mots-clés : deep-learning, analyse d’image, traitement du signal

14h50 - 15h10 : High content imaging analysis integration in Galaxy. Pierre Osteil, iGReD ; Mots-clés : Development, Embryonic stem cell, pseudo-embryo, Hippo, Automated microscopy

15h10 - 15h30 : Traitement automatisé d'images d'OMERO dans ImageJ. Pierre Pouchin, iGReD ; Mots-clés : OMERO, ImageJ, traitement d'images, workflow, FAIR

15h30 - 15h40 : debriefing Session 4 sur nos approches de stockage, d’analyse et de publication

Table Ronde

15h40-17h00 : Table Ronde et Discussions

15h40 - 16h : Réflexions prospectives pour le LMGE. Gisèle Bronner, LMGE ; Mots-clés : machine learning, génomique, Microorganismes, imagerie, intégration de données

Définition des mots-clefs AuBi et des principaux axes de recherche.
Faut-il créer de nouveaux axes thématiques ou au contraire fusionner des axes?
Quelles sont les futures attentes scientifiques?