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Formation 2023 : Pratiques FAIR en bioinformatique pour des analyses reproductibles

Publié le 20 février 2023 Mis à jour le 14 juin 2023
Date(s)

du 10 juillet 2023 au 17 juillet 2023

Lieu(x)
Batiment Turing, 7 avenue Blaise Pascal, Campus des Céseaux, 63170, Aubière.

Session d'introduction aux principes FAIR en bioinformatique pour des analyses reproductibles. Les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, réutilisable) sont abordés et pratiqués à travers la présentation et la pratique de Git, Conda, Docker, Singularity, Snakemake, Rmarkdown et jupyterLab.

Les objectifs de cette formation de 30h est l'introduction aux bonnes pratiques en bioinformatique afin de pérenniser le travail de recherche. Les notions abordées sont la reproductibilité et la répétabilité du code ainsi que les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés dans un contexte FAIR.

Cette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques).

Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible le travail bioinformatique.

Programme

J1 
◦ Introduction générale aux principes FAIR (Faisabilité, Accessibilité, Interopérabilité et Reproductibilité)

J2
◦ Introduction à la gestion de code via Git
◦ TP pratique sur Git

J3
◦ Introduction à la notion d’encapsulation et de gestion de l’environnement avec conda, docker et singularity
◦ TP sur la gestion des environnement et des paquets avec conda

J4
◦ TP sur la gestion des images et des conteneurs avec singularity
◦ TP sur la gestion des workflow avec snakemake

J5
◦ Introduction générale à la documentation de son code avec la programmation lettrée
◦ TP rédaction d’un rapport d’analyse avec Rmarkdown
◦ TP utilisation de l’environnement Jupyter Lab


Nombre de places limité : 15 personnes

L'inscription se fait auprès de la plateforme AuBi.

Fiche descriptive de la formation :

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