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Actualités Mésocentre - Historique
23
juin
Formation : FAIR-Bioinfo 2025
Session d'introduction aux principes FAIR en bioinformatique pour des analyses reproductibles.Les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, réutilisable) sont abordés et pratiqués à travers la présentation et la pratique de Git, Conda, Docker, Singularity, Snakemake, Rmarkdown et jupyterLab.
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14
mai
Participez au Printemps de la donnée avec l'UCA !
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18
avr.
Nouvel article utilisant les ressources Mésocentre dans Computerized Medical Imaging and Graphics : "HALSR-Net: Improving CNN Segmentation of Cardiac Left Ventricle MRI with Hybrid Attention and Latent Space Reconstruction"
Une étude récente, publiée dans la revue Computerized Medical Imaging and Graphics par Mohamed Fakhfakh et Laurent Sarry de l'Institut Pascal, présente HALSR-Net, une nouvelle architecture de segmentation par réseau de neurones convolutifs (CNN) pour l'IRM cardiaque.
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16
avr.
Formation : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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09
avr.
Formation : Initiation à la ligne de commande
Session de formation d'initiation à la ligne de commande
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19
mars
Formation : Initiation à OMERO 2025
Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.
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19
mars
Nouvel article AuBi dans Microbiome : "Global analysis of the metaplasmidome: ecological drivers and spread of antibiotic resistance genes across ecosystems"
Une étude récente de Didier Debroas du LMGE, soutenue par le LMGE et publiée dans la revue Microbiome, révèle pour la première fois l'impact mondial des plasmides dans la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques (ARGs) à travers divers écosystèmes.
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06
mars
Nouvel article AuBi dans Biogeosciences : "Clouds influence the functioning of airborne microorganisms"
Le mésocentre et la plateforme Auvergne Bioinformatique de l'Université Clermont Auvergne est fier de soutenir la recherche innovante en bioinformatique et en sciences atmosphériques. Récemment, un article intitulé "Clouds influence the functioning of airborne microorganisms" a été publié dans la revue Biogeosciences, mettant en lumière les travaux de Raphaëlle Péguilhan (ICCF), Pierre Amato (ICCF, maintenant au LMGE) et de ses co-auteur.ices.
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06
févr.
Nouvel article AuBi dans Microbiome : "Metatranscriptomes-based sequence similarity networks uncover genetic signatures within parasitic freshwater microbial eukaryotes"
Le mésocentre de l'Université Clermont Auvergne joue un rôle clé dans le soutien aux recherches de pointe en bioinformatique et en microbiologie. Un article récent d'Arthur Monjot et Cécile Lepère du LMGE, publié dans la revue Microbiome, révèle une méthode innovante pour identifier les signatures génétiques des micro-organismes parasitaires dans les écosystèmes d'eau douce.
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2024
04
déc.
Journée AuBi Bioinfo 2024
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12
nov.
Metadata Party - Open Acces Weeks
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11
sept.
Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour caractériser et visualiser des communautés microbiennes. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
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18
juil.
Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy
L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
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25
juin
AuBi à JOBIM2024 !
La plateforme AuBi présente ses activités de plateforme. Elle est également représentée dans le projet Metabocloud avec l'UNH et MetaboHub ainsi que les projets en collaboration avec l'IFB.
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19
juin
Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
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13
juin
Journée rencontres AuDACES 2024
Le réseau métier AuDACES affilié au réseau national des développeurs de logiciels DevLog est heureux de vous annoncer sa journée de rencontres 2024.
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29
mai
Formation : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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28
mai
Des données de Terra Forma arrivent au Mesocentre !
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15
mai
Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy
L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
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11
avr.
Formation : Initiation à OMERO 2024
Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.
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10
avr.
Introduction à l'analyse de données de séquençage avec contrôle qualité et alignement sur un génome de référence avec Galaxy
L’objectif est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séquençage : le contrôle qualité des données et l’alignement sur un génome de référence. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
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04
avr.
Journée "Cycle de vie des données en Biologie"
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13
mars
Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
L’objectif est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.
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26
janv.
Formation d'initiation à OMERO 2024
Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.
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2023
06
déc.
Journée AuBi Bioinfo 2023
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28
sept.
Journée d'animation AuBi GPU
Cette journée d'animation AuBi - GPU organisée avec les équipes du Mésocentre Clermont-Auvergne, NVIDIA et HPE a pour vocation à faire découvrir ou redécouvrir les possibilités d'utilisation des GPU dans le domaine de la biologie. GPU vient de l'anglais "Graphical Processing Unit". C'est l'unité de calcul graphique sur ordinateur qui permet de lancer pléthore de calculs simples sur de très gros volumes de données. Certains programmes bien structurés peuvent utiliser ces GPU plutôt que les "CPU" (Unité Centrale de traitement) qui eux, sont plutôt optimisés pour exécuter rapidement une série de tâches de tout type. Des calculs nécessitant plusieurs jours voire plusieurs semaines peuvent s'effectuer en quelques heures ou 10aines d'heures.
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10
juil.
Formation 2023 : Pratiques FAIR en bioinformatique pour des analyses reproductibles
Session d'introduction aux principes FAIR en bioinformatique pour des analyses reproductibles.Les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, réutilisable) sont abordés et pratiqués à travers la présentation et la pratique de Git, Conda, Docker, Singularity, Snakemake, Rmarkdown et jupyterLab.
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27
juin
AuBi à JOBIM2023 !
La plateforme AuBi est associée aux projets IFB dont le projet de Centre de Référence Thématique (Science Ouverte) et le projet ABRomics. Tous deux sont à l'honneur pour cette nouvelle édition de JOBIM 2023.
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01
juin
Conférence AuBi à la Journée AUDACES
Présentation de l'outil OpenLink qui propose un tableau de bord de gestion des données Recherche
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30
mai
Workshop IFB Biosphère
Nouveautés du portail Biosphère Cloud de l’IFB et initiation à la création des Appliances
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22
mai
Utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
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29
mars
Formation 2023 : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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22
mars
Formation 2023 : Initiation à la ligne de commande
Session de formation d'initiation à la ligne de commande
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20
mars
Metadata Party
Dans le cadre de la « science ouverte », l’UCA met actuellement en placeun service « Ateliers de la donnée » pour accompagner les scientifiquesdans l’ouverture et le partage des données de la recherche.Le CEBA est associé à la cellule Science Ouverte et vous propose departiciper à des metadata party le jeudi 23 février 2023 (14h-17h au LPC) oule lundi 20 mars 2023 (14h-17h au Mésocentre).
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17
janv.
Journée AuBi Science Ouverte
La plateforme AuBi, associée à la cellule Science Ouverte de l'UCA, propose un premier séminaire sur la thématique de la Science Ouverte et Reproductible. Dans le cadre de sa politique en faveur de la « science ouverte » et en s’inscrivant dans le Plan National pour la Science Ouverte, l’UCA s’engage dans la mise en place d’un service « Ateliers de la donnée ». Actuellement en cours de construction, ce service permettra de conseiller et d’accompagner les scientifiques dans une démarche raisonnée de la gestion, du partage et de l’ouverture des données produites par la recherche. Il a pour objectif de mettre à la disposition des ressources, des guides de bonnes pratiques, des formations et des séminaires autour de la donnée.
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2022
08
déc.
Multi-omics integration: A new tool for biologists
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07
déc.
Workshop IFB Biosphère
Découverte du portail Biosphère et de l'infrastructure Cloud de l’IFB, et initiation à la création d'environnements dédiés aux analyses de bio-analyse et de bioinformatique
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06
déc.
Journée AuBi Bioinfo-NGS 2022
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28
nov.
Formation 2022 : Pratiques FAIR en bioinformatique
Session d'introduction aux principes FAIR en bioinformatique.Les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, réutilisable) sont abordés et pratiqués à travers la présentation et la pratique de Git, Conda, Docker, Singularity, Snakemake, Rmarkdown et jupyterLab.
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05
juil.
AuBi à JOBIM2022 !
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01
juin
Formation 2022 : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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25
mai
Formation 2022 : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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18
mai
Formation 2022 : initiation à la ligne de commande
Session de formation d'initiation à la ligne de commande
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14
mars
Formation 2022 : Utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
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2021
09
déc.
Formation 2021 : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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02
déc.
Formation 2021 : initiation à la ligne de commande
Session de formation d'initiation à la ligne de commande
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01
déc.
Journée AuBi Bioinfo-NGS 2021
La plateforme AuBi accompagne les étudiants du Master 1 Bioinformatique dans l'organisation d'une journée d'animation autour des NGS le mercredi 1er Décembre. Cette année, notre invitée est Alessandra CARBONE (Univ. Paris Sorbone) du laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative.
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26
mai
Webinaire "BigData pour l'intégration de données biologiques"
La plateforme AUBI avec le GDEC et l'UMRH co-organisent un webinaire sur le thème de l’intégration des données biologiques le 26 Mai 2021 à partir de 13h45.
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15
févr.
Formation 2021 :Utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
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2020
24
sept.
Workshop "Intégration de données biologiques"
La plateforme AUBI et le GDEC co-organisent un workshop en visio-conférence sur le thème de l’intégration des données biologiques le 24 Septembre 2020 de 9H à 17H. Cette journée sera consacrée à une série de présentations d’intervenants extérieurs et intervenants Clermontois suivi d’une période d’échanges.
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22
sept.
Intégration des ressources cloud OSCAR du Mésocentre Clermont Auvergne dans le Cloud de l'IFB
La plateforme AuBi grâce à OSCAR, l'infrastructure Cloud du Mésocentre Clermont Auvergne, rejoint la Fédération Cloud de l'IFB !
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30
juin
AuBi à JOBIM2020 en virtuel !
The Mesocentre as part of Clermont Auvergne University (UCA) is delivering services in high performance computing for sciences data and short-term storage through a network of technology core facilities. These offers are done to assist multi-disciplinary scientists in their computing projects. At that time, we are hosting a computer farm with about 800 cores; 40 nodes for moderate memory usage (<256 Gb); a SMP supercomputer made of 384 cores and 12 To memory; plus a GPU technology (8 GPU of 5120 cores each); a cloud platform - based on Openstack Technology - with a total of 960 physical cores and 9To memory; and a CEPH storage of at least 1 To capacity by user.Hosted by the Mesocentre, the Auvergne bioinformatics (AuBi) platform is a member of the French Bioinformatics Institute (IFB, https://www.france-bioinformatique.fr/en/platforms/AUBI). AuBi platform aims at sharing expertises and knowledge in large-scale data treatments and analysis by supplying a complete computing environment with hardware and sof
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06
févr.
Formation 2020 : Initiation à l'utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
Cette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 150tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisésautour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases dufonctionnement de la plateforme Galaxy.
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04
févr.
Journée Bioinformatique orientée NGS
Une 1ère journée d'animation scientifique autour de la bioinformatique des génomes (bioinfo-NGS) sera organisée le MARDI 4 FEVRIER 2020 - Amphi pôle physique, campus des Cézeaux. Le comité d'organisation établit actuellement le programme. Nos envisageons une série de présentations pour faire le point des compétences/thématiques/outils/pratiques en bioinfo, etc., au sein des unités membres d'AuBI.
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23
janv.
Formation 2020 : Initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
Session de formation d'initiation à l'utilisation d'un cluster de calcul
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15
janv.
Formation 2020 : Initiation à la ligne de commande
Session de formation d'initation à la ligne de commande
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2019
10
sept.
Rencontre Bioinformatique pour la Protéomique et la Métabolomique
Le format de cette première rencontre est basé sur une demi-journée, alternant échanges, présentations et retours d’expériences mais aussi un temps d’expression des besoins de notre communauté scientifique locale autour de la thématique de notre groupe.
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01
juil.
AuBi aux GCC2019
AuBi participe à la Conférence de la Commnuauté Galaxy GCC2019 qui aura lieu à Fribourg-en-Brisgau.
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https://mesocentre.uca.fr/actualites/actualites-mesocentre-historique
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